CRAN Task View: Meta-Analysisについて、機械翻訳を交えて日本語化し掲載しております。
目次
概要
| Maintainer: | Michael Dewey, Wolfgang Viechtbauer |
| Contact: | lists at dewey.myzen.co.uk |
| Version: | 2024-11-13 |
| URL: | https://CRAN.R-project.org/view=MetaAnalysis |
| Source: | https://github.com/cran-task-views/MetaAnalysis/ |
| Contributions: | このタスクビューに対する提案や改良は、GitHubのissueやpull request、またはメンテナのアドレスに電子メールで送ってください。詳しくはContributing guideをご覧ください。 |
| Installation: | このタスクビューからのパッケージは、ctvパッケージを使用して自動的にインストールすることができます。例えば、ctv::install.views(“MetaAnalysis”, coreOnly = TRUE)は全てのコアパッケージをインストールし、ctv::update.views(“MetaAnalysis”)はまだインストールしていない全てのパッケージと最新のものをインストールする。詳細については、CRAN Task View Initiativeを参照してください。 |
このタスクビューは、一次研究の要約統計量のメタ分析のための機能を持つパッケージを扱います。このタスク表示は、標準の線形モデリング関数のどれでも扱える個人参加データ（IPD）のメタ分析は考慮しませんが、IPDのための特別な機能を提供するいくつかのパッケージは含まれています。
標準的なメタ分析モデルは、重み付き最小二乗法の一形態であり、したがって、重み付き最小二乗法を提供する幅広いRパッケージのいずれもが、原理的にこのモデルを適合させることができるだろう。特殊なパッケージを使用する利点は、(a)必要な小さな調整を引き受けてくれる (b)モデルの表示と調査のための補助的な関数の範囲を提供することです。以下、モデルに言及する場合、それはこのモデルを意味します。
要約統計が利用できない場合、有意水準のメタ分析が可能です。これは多重比較の調整の問題と全く無関係ではありませんが、主に遺伝データの文脈でこれを提供する以下のパッケージは、さらに機能を追加しています。
単変量メタアナリシス
メタ分析の準備
- 主な研究は、多くの場合、それらの結果を提示する統計の範囲を使用しています。一般的な測定基準にこれらを変換するための便利な関数は次式で示されます：
- compute.esは、種々の統計からD、G、R、Zおよび対数オッズ比へ変換します。
- MAdは、平均差へ変換します。
- metafor：非比較研究（割合、発生率、および平均変化）のため、アソシエーションの研究（相関タイプの広い範囲）のため、比較研究（このようなように、バイナリデータ、人年、平均差および比率など）のための対策の拡張セットのエフェクトサイズへ変換します。また、精神測定（クロンバックのアルファ）で使用される指標を提供します。
- escは、いくつかの追加機能を備えたmetaforと部分的にオーバーラップする効果量計算の範囲を提供します。テスト統計を変換するための目立つ点として、metafor のような別のパッケージへの入力を照合したり、CSVファイルを生成したりする便利な機能も含まれています。
- estimrawは、オッズ比、リスク比、またはリスク差のいずれかからセル頻度を推定します。
- effsizeは、効果の大きさの平均差（Cohenとdedge）、支配行列（Cliffのデルタ）、確率的優位（Vargha-Delaney A）を計算する関数が含まれています。
- effectsizeは、多数の効果サイズを提供し、それらの間で変換します。
- psychmetaは、エフェクトサイズを変換したり、さまざまな制限や測定誤差を修正するための豊富な機能を提供します。
- metansueは、生データから効果サイズes.dif に変換して、Cohenのd、Hedgesのd、偏りのある/偏りのないc（平均と定数の間の効果の大きさ）およびe（分散を仮定せずの平均の間の効果の大きさ）を計算する方法をいくつか提供します。
- MOTEは、Cohenのdに基づいてさまざまな変換を提供します。
- estmeansdは、分位数と平均値と標準偏差の間の変換を行います。
- metaBLUEは、さまざまな順序統計からの平均および標準偏差を推定します。
- SingleCaseESは、パラメトリックおよび非オーバーラップの両方のシングルケースデザインの基本的なエフェクトサイズを提供します。
- smdは、標準化された平均差を計算します。
- CohensdpLibraryは、様々なデザインからコーエンのdを提供します。
- metaHelperは、標準化された平均差と関連する統計に焦点を当てて、メタアナリシスで一般的に使用される値を計算します。
- metaConvertは、11の効果サイズ測度を推定します。
- metaは、RevMan4と5で、出力を読み、ファイルを操作するための関数が用意されています。
- metagearは、系統的レビュープロセスをサポートするデータの抽出を容易にし、効果の大きさを生成するための機能の広範な範囲を提供します。
- revtoolsは、書誌データベースからダウンロードするツールを提供し、機械学習メソッドを使用してそれらを処理します。
- citationchaserは、引用を追跡するプロセスを支援します。
- MetaNLPは、メタアナリシスの前に、スクリーニングに使用するタイトルとアブストラクトを前処理します。
- esciは、効果量の大きな範囲を提供しています。
- metavcovは、多変量メタ解析の分散共分散行列を計算します。
- clubSandwichは、多変量メタ分析のために分散共分散行列を代入します。
- metafuseは、融合したラッソを使用して、多数の独立したデータセットにわたって共変量推定値をマージします。
- metapowerは、メタ分析とメタ回帰の検定力分析を提供します。
- POMADEは、従属効果量のメタ分析における全体の平均効果量についても同じことを行います。
- PRISMA2020は、PRISMA2020版に準拠したインタラクティブなフロー図を生成し、PRISMAstatement (archived)もPRISMA statementに準拠したフロー図を生成します。
- reappraisedは、試行グループの整合性をチェックするためのツールを提供します。
- RTSAは、Trial Sequential Analysis を提供します。
- いくつかのパッケージは、出版された図からデータをデジタル化するための支援を提供しています。
- metaDigitiseとjuicrはグラフィカルなインターフェースを提供し、様々な入力フォーマットに対応しています。
- digitizeは、より限定的な機能を備えています。
モデル適合
- 4つのパッケージは、加重された逆分散、Mantel HaenszelとPetoメソッドを提供します。
- バイナリデータmetaforために二項正規モデルが用意されています。
- 科学の分野によっては、特定の効果量を扱うパッケージの方が適している場合もあります。
- MAdは、標準化平均差のメタ分析のための関数を提供し、さまざまなグラフィックを提供します。
- psychmetaは、信頼性および範囲制限の問題の修正を含むHunter-Schmidtメソッドを実装しています。
- clubSandwichは、クラスターロバストな分散推定を提供します。
- wildmetaは、クラスターワイルドブートストラップを用いて、メタ回帰モデルの単一係数検定と多重対比仮説検定を行います。
- ベイズアプローチは様々なパッケージに含まれています。
- 2種類のモデルを提供するbspmma：ノンパラメトリックおよびセミパラメトリック。結果のグラフ表示が提供されます。
- bayesmetaは、metaforまたはforestplotのいずれかを介して、収縮推定値、後方予測p値および森林プロットが含まれます。診断グラフィカル出力が利用可能です。
- MetaStanは、二項正規階層モデルが含まれており、不均一性と治療効果パラメータに弱く情報的な事前分布を使用できます。
- baggrは、Stanを使用して階層型ベイジアンモデルの機能を提供し、グラフィカルな機能が提供されます。
- brmsは、Stanをバックエンドにしたベイズメタ分析モデルのフィッティングも可能です。
- BayesComboは、ベイジアンアプローチを使用して機能を提供し、グラフィカルな機能を備えています。
- RBesTは、ベイジアン合成を使用して、さまざまなソースから事前分布を生成します。
- metamiscは、Higginsによって提案された事前情報を使用したメソッドを提供します。
- RoBMAは、メタ分析モデルのアンサンブルを推定し、ベイズモデル平均法を用いてそれらを結合するためのフレームワークを提供します。
- ra4bayesmetaは、ベイズの正規・非正規モデルで原理的なリファレンス分析を行います。
- metabupは、基本的な不確実性プーリングを用いたベイズアプローチを提供します。
- 一部のパッケージは、補助的な機能の範囲を提供することなくコアのメタ分析機能の特殊なバージョンを提供することに集中する。これらは以下のとおりです。
- metaplusは、ランダム効果が正規分布を持っていることを通常の仮定を緩和し、ランダム効果モデルに適合します。また、いくつかの診断を提供します。
- ratesciは、信頼区間のさまざまな方法を使用して、ランダム効果モデルをバイナリデータに適合させます。
- RandMetaは、効率的なアルゴリズムを使用してランダム効果モデルの正確な信頼区間を推定します。
- rma.exactは、ランダムな正規正常モデルの正確な信頼区間を推定し、それらのプロットも提供します。
- pimetaは、ランダム効果のメタアナリシスの予測間隔を実装します。
- metamedianは、結果の中央値を報告する1グループまたは2グループの研究をメタ分析するためのいくつかの方法を実装しています。これらの方法は、1グループコンテキストにおけるプールされた中央値と、2グループコンテキストにおけるグループ間の中央値のプールされた生の差分を推定します。
- MetaUtilityは、科学的重要性のカットオフを超える効果の割合を推定するための測定基準を提案します。
- metasensは、欠落したバイナリデータの補完方法を提供します。
- metagamは、一般的な加法モデルのメタ分析のためのフレームワークを提供します。これには、個々の参加者データを場所間で共有できない場合が含まれます。
- EvidenceSynthesisは、個々の参加者データを共有できない施設間でも結合します。
- metawhoは、スタディの相互作用内で組み合わせる方法を実装します。
- metarepは、従来の分析の後に複製可能性分析を提供します。
- remaは、並べ替えの手法を使用して、希少事象データのメタ分析を行う。
- meta.shrinkageは、メタ分析において、個々の平均のより良い推定値を提供するために収縮法を使用します。
- metaumbrellaは、アンブレラレビューのための機能を提供します。
- vcmetaは、通常の固定効果法やランダム効果法に代わる、変動係数メタ解析のための関数を提供します。
- robustmetaは、一次研究が影響力のある値を持っている可能性がある場合のメタ解析のためのメソッドを提供します。
- coefaは、共起行列に基づく因子分析のメタ分析を提供します。
- CausalMetaRは、マルチソースデータセットを使用して、対象集団における因果効果を推定するためのロバストで効率的な手法を提供します。
- metaincは、Decision Inconsistency index (DI)とAcross-Studies Inconsistency (ASI)インデックスを計算することにより、メタアナリシスにおける矛盾を評価します。様々なパッケージからの入力が可能です。
- aidesは、研究サイズの分析を提供し、逐次分析を含みます
グラフィカルな方法
グラフィカルな手続きの広範な範囲が提供されています：
- フォレストプロットは、（インタラクティブなプロット）forploとforestly、（ggplot2を用いた）forestmodel、forestplot、forestploter、meta、metafor、psychmeta、rmetaで提供されています。最も基本的なプロットはそれらのいずれかによって製造することができるが、それらは、それぞれの機能強化の自分の選択を提供しています。
- ファンネルプロットは、meta、metafor、rmetaで提供されています。metasensに限界メタ分析のためのファンネルプロット
- Radial (Galbraith)は、metaforで提供されています。
- L’Abbeプロットは、metaとmetaforで提供されています。
- Baujatプロットは、metaとmetaforで提供されています。
- metaは、ドレーパーのプロットを提供します。
- MetaAnalyserは、メタアナリシスの結果をインタラクティブに視覚化します。
- metavizは、森林プロットの強化版である熱帯雨林プロットを提供しています。これはmetafor からの入力を受け入れます。
- DTAplotsは、フォレストプロットやSROCプロットなど、診断用の様々なプロットを作成します。
- GOSHのプロットは、metaforで提供されています。
- robvisは、リスクオブバイアス（rob）評価の結果を可視化するために使用することができます。
- xmetaは、多変量メタアナリシスのためのファネルプロットのアナログであるギャラクシープロットを提供します。
調査異質
- 不均一性パラメータの信頼区間は、metaforとpsychmetaで提供されています。
- altmetaは、範囲外の研究に堅牢性を中心に不均一性をテスト、測定するための様々な代替方法を提示します。
- mc.heterogeneityは、異質性に関するモンテカルロベースのテストを実装します。
- boot.heterogeneityは、平均差、相関、およびオッズ比の不均一性のブートストラップテストを提供します。
- heterometaは、異質性の様々な要約尺度の間で変換します。
モデル批評
- metaforは、診断統計量の豊富な一連のプロットが用意されています。
- metaplusは、異常値の診断を提供します。
- psychmetaは、leave-one-outメソッドを提供します。
- EValueは、測定されていない交絡因子の影響の感度分析を提供します。
- boutliersは、外れ値検出や影響力診断のためのブートストラップ分布を提供します。
- metaconfoundrは、メタアナリシスにおける交絡関係を可視化するための様々な方法を提供します。
- RoBMAは、異なるメタ分析モデルの比較を可能にします。
小規模な研究のバイアスを調査
小規模な研究が多くの研究とは異なる結果を与えるかどうかの問題は、上記のファンネルプロットの目視検査によって対処されてきた。追加：
- metaおよびmetaforは、BeggとMazumdarによって提案し、ノンパラメトリック法とエッガーのアプローチをモデルにした回帰テストの範囲の両方を提供しています。
- metamiscは、漏斗プロットと非対称性の検定を提供します。
- puniformは、統計的に有意な研究、複製試験およびサンプルサイズ決定の特別な場合の方法のみを使用する方法を提供します。
- PublicationBiasは、特定の影響力を持つために必要な未公開の研究の数の感度分析を実行します。
- metaforは、様々な選択モデルを提供しています。
- RoBMAは、ベイズ版の選択モデルが含まれています。
未観測研究
メタ分析での再発の問題は、未観測の研究の課題であった。
- Rosenthalのフェールセーフなnは、MAdで提供されています。
- デュバルのトリム及びフィルメソッドは、metaおよびmetaforによって提供されます。
- metasensは、Copasの選択モデルが用意されています。
- selectMetaは様々な選択のモデルが用意されています。IyengarとGreenhouseのパラメトリックモデルとDearとBeggのノンパラメトリックモデルは、単調性制約を課す新たなノンパラメトリック手法を提案します。
- metansueは、非有意な結果を持つことが知られている唯一の研究の多重代入することによって含めることができます。
- weightrは、Veveaとヘッジの重み関数モデルを使用するための機能を提供します。
- publiphaは、ベイジアンフレームワークを使用して、出版バイアスまたはpハッキングを説明するモデルを推定します。
- fsnは信頼区間付きのフェイルセーフ数を計算します。
- RobustBayesianCopasは、Copas選択モデルのロバストバージョンにフィットします。
- metaforは、過剰な有意性をテストを提供しています。
- phackingは、研究内および研究間で選択が行われた場合の方法を提供します。
- multibiasmetaは、内部バイアスと出版バイアスの共同効果について感度分析を行います。
- metabiasは、メタアナリシスにおける研究内・研究間のバイアスを調査するために、他のいくつかのパッケージの共通コンポーネント（クラス、メソッド、ドキュメント）を提供します。
その他の研究デザイン
- SCMAは、シングルケースのメタアナリシスを提供します。シングルケース設計専用のパッケージスイートの一部です。
- joint.Coxは、イベントの合同イベントと病気進行の研究のメタアナリシスのための施設を提供しています。
- dfmetaは、フェーズIの用量発見臨床試験のメタアナリシスを提供します。
- metamiscは、予後研究のメタ分析を行います。
- metamicrobiomeRは、GAMLSSモデルでフィッティングされたゼロインフレーションのβマイクロバイオームデータのメタ分析を行います。
- metaSurvivalは、一次研究の生存曲線から抽出したデータから生存曲線を推定します。
重要度の値のメタ分析
- FisherとLancasterの方法は、aggregation、metap、metapro、poolrがあります。
- Stouffer、Tippett、Wilkinsonの方法は、metapとpoolrで利用可能です。
- Edgington法、inverse-t、logit、pの平均、zの平均などがmetapで利用できます。
すべてのケースで、poolrは独立したp値に加えて相関したp値も考慮します。上記の他の方法では考慮しません。
- TFisherは、p値にハードおよびソフトの閾値を用いたフィッシャー法を提供します。ハードスレッショルドの場合はmetapのラッパーがあります。
- harmonicmeanpは、p値間の相関に強いp値の調和平均法を使用しています。
- amanidaは、p-valuesやfold changeを用いて、代謝物データのメタ解析を行います。
- metap は、シンプルなグラフィックを提供します。
また、後述するいくつかの遺伝学パッケージにもいくつかの方法が用意されています。
多変量メタアナリシス
上記で概説した標準的な方法は、効果の大きさが独立していることを前提としています。この仮定は、いくつかの方法で侵害されることがあります。各一次研究複数の治療は、同じ対照と比較してもよい。各一次研究では、複数のエンドポイントを報告することがあります。彼らは同じ国または同研究チームから来たので、主な研究は、たとえば、クラスタ化することができる。結果は多変量であるような状況で。
- mvmetaは、研究の共分散で知られているとだけでなく、固定効果フィッティングランダム効果のためのさまざまなオプションを提供しているのを前提としています。
- mixmetaは、標準的なメタアナリシスと、多変量解析や用量反応モデルのような拡張機能との統合インターフェースを提供します。
- mvtmetaは、メタ回帰でないもののランダム効果のために、モーメント法を用いた多変量メタ分析を提供しています。
- clubSandwichとrobumeta、metaforは、クラスタ化された階層的な見積もりのために堅牢な分散推定を提供しています。
- metaSEMは、R-フォージから入手可能であり、多変量（および単変量）構造方程式の枠組みでそれを埋め込み、構造方程式モデリングのためのOpenMxを使用して、メタ分析とメタ回帰を提供しています。これは、クラスタ化を考慮して、レベル2およびレベル3不均一性を可能にする3レベルのメタ分析を提供することができます。また、相関または共分散行列の2段階アプローチのメタ分析によって提供されます。
- dosresmetaは、個々の研究は、用量反応関係についての情報を持っている状況に集中します。
- MBNMAdoseは、用量反応研究のネットワークメタ分析を使用したベイジアン分析を提供します。
- CIAAWconsensusは、原子量と同位体比を推定する多変量m-aの関数を持ちます。
- BayesMultMetaは、多変量ランダム効果モデルのパラメータをベイズ推定し、多変量メタ解析に適用するものです。
- remaCorは、効果量間の相関がわかっている場合、多変量メタ解析を提供します。
診断テストの研究のメタアナリシス
多変量メタ分析の特別な場合は、診断テストの研究をまとめた例です。研究間の相関関係が推定されるが、これは二変量を生じさせる、内学習相関バイナリメタアナリシスでは、ゼロを仮定した。これは研究の活発な領域であり、様々な方法が、階層的要約受信者動作特性（HSROC）メソッドとReitsma法と呼ばれるここと呼ばれるものを含めて利用可能である。多くの状況では、これらは等価である。
- madaは、様々な記述統計および単変量法（診断オッズ比およびリーマン・モデル）だけでなく、Reitsmaによる二変量の方法を提供します。また、メタ回帰が設けられています。グラフィカルな方法の範囲も利用可能です。
- bamditは、（MCMC法を実装するためにJAGSを使用して）二変量ランダム効果モデルとベイズメタ分析を提供しています。
- meta4diagは、診断テスト研究の二変量メタ分析とグラフィカルな方法の広範囲のためのベイズ推論分析を提供します。
- diagmetaは、主要研究が複数のカットオフを用いた分析を提供する場合を考慮する。グラフィカルな方法も提供されています。
- NMADiagTは、エンジンとしてスタンを使用するベイジアンフレームワークで診断テストのネットワークメタ分析を提供し、グラフィック出力が提供されます。
- DTAplotsは、森林プロットやSROCプロットなど、診断のための様々なプロットを提供します。
- MVPBTは、診断テストのメタ分析における小規模研究の効果の検定を提供します。
- dmetatoolsは、要約ROC曲線のAUCの信頼区間と関連する手法を提供します。
- CopulaREMADAは、診断テストの精度研究のメタアナリシスのための二変量コピュラ混合モデルを提供します。
メタ回帰
適切な調整変数が使用可能である場合、それらは、メタ回帰を使用して含まれていてもよい。すべてのこれらのパッケージは、上述したが、これは単なる一緒にその情報を描画します。
- metaforは、メタ回帰を（複数のモデレータをご用意している）を提供します。モデル診断の範囲も提供します。各種パッケージは、メタ回帰提供するmetaforに依存しています（metaおよびMAd）。
- psychmetaは、metaforを使用します。
- metaLikおよびmetansue、metaSEM、metatestも、メタ回帰を提供しています。
- mvmetaは、metaforとmetaSEMがそうであるように、多変量メタ分析のためのメタ回帰を提供します。
- madaは、診断テスト研究のメタ回帰のために用意されています。
- GENMETAは、一般化されたメタ分析を使用して、すべての研究が同じリグレッサーを使用しない状況を処理します。
- jarbesは、階層的なメタ回帰のベイジアンアプローチを使用します。
- metacartは、分類木と回帰木を使用して、モデレータ間の相互作用を識別します。
- metaforestは、randodの森林を使って異質性を調査します。それは森林プロットとは関係がないことに注意してください。
- pemaは、メタ回帰にペナルティをかけたアプローチで、オブザベーションに対してモデレータの数が多い場合に有効です。
- bayesmetaは、ベイズの枠組みでメタ回帰を行います。
- CAMAN (archived)は、不均一性が存在し、ランダム効果モデルに代わるものとして、有限セミパラメトリック混合物を使用する可能性を提供しています。共変量は、メタ回帰を提供するために含まれます。
- crwbmetaregは、重み付き最小二乗法を用いてメタ回帰モデルをフィットし、クラスターロバストワイルドブートストラップ法を用いて推論を行います。
個々の参加者データ（IPD）
すべての研究は個々の参加者データを提供でき、マルチセンタートライアルの分析のためのソフトウェアまたはマルチセンターコホート研究は適切な証明をするべきで、このタスクビューの範囲外である。IPDに関連した施設を提供する他のパッケージは、次のとおりです。
- 生態学的研究のために設計されているecoregは、集計データや個々のデータから個人レベルロジスティック回帰の推定を可能にします。
- multinmaは、集計データ、個々の患者データ、および個別データと集計データの両方の混合について、ネットワークメタ分析およびネットワークメタ回帰モデルを提供します。
- MetaIntegrationは、IPDデータと外部モデルを組み合わせたものです。
- bipdは、ベイズアプローチを用いてIPDを行います。miceを用いた多重代入の機能も備えています。
ネットワークメタアナリシス
また、複数の処置比較として知られている。これは、研究開発の非常に活発な分野である。多変量メタ分析の下で、上記のパッケージのいくつかはまた、適切なセットアップとのネットワークメタ分析に使用することができることに注意してください。
- netmetaは、頻度論的なフレームワークで動作します。netmetaは、ネットワークグラフや、不整合や異質性を表示するためのヒートマップなど、広範囲にわたるグラフやその他の表示機能を備えています。また、SUCRAの頻出主義的なアナログも用意されています。
- pcnetmetaによる、JAGSを使ったベイジアンフレームワークです。数多くのデータセットを提供しています。
- multinmaは、集計データ、個々の患者データ、および個々のデータと集計データの両方の混合に対するネットワークメタ分析およびネットワークメタ回帰モデルを提供します。
- nmathreshは、決定不変のバイアス調整のしきい値と間隔を、決定の変更をもたらすデータに対する最小の変更を提供します。
- NMAoutlierは、前方検索を使用してNMAの外れ値を検出します。
- pcnetmetaは、ネットワークグラフを提供します。
- nmaplateplotは、NMAの結果をヒートプロット形式で表示し、SUCRAも表示します。
- nmarankは、ネットワークメタアナリシスにおける証拠の階層を評価します。
- rnmamodは、ベイズアプローチを用いてNMAを実行しながら、参加者のアウトカムデータの（集計）欠損に対応します。
- viscompは、多成分介入のネットワークメタ分析における成分の挙動を探索するためのいくつかの可視化ツールを提供します。
- OssaNMAは、事前に指定された検出力、または固定された総標本数で各治療グループの最適配分に必要な最小総標本数を計算します。
- MBNMAtimeは、ベイズのフレームワークを用いて、研究からの複数のタイムポイントを分析することができます。
- crossnmaは、個々の参加者データ、集計データ、およびそれらの混合データに対して、ベイズの枠組みでネットワークメタ分析を行うために使用することができます。
- PINMAは、ネットワークメタ解析のための予測区間を構築するための改良された方法を提供します。
- rankinmaは、NMAにおける治療のランク付けを行います。
- ssifsは、NMAにおける一貫性を評価します。
- NMAは、対照ベースのアプローチを使用し、標準的な診断法とグラフ法を含みます。改良されたREML推定手順を使用します。
- CBnetworkMAは、ベイズのフレームワークでコントラストベースのNMAを実行します。
- closeloopは、共変量情報を使用してシングルアームの観察研究間の距離を計算し、NMAの不均一性を排除します。
遺伝学
遺伝子データに特化したパッケージがあります。
- catmapは、症例対照データと家族研究データを組み合わせたもので、グラフィカルな機能が提供されています。
- CPBayesは、交差表現型の遺伝的関連性を研究するためにベイジアンの手法を使用しています。
- corrmetaは、複数のスキャンの相関メタアナリシスを実行します。
- gapは、p値を組み合わせ。
- getmstatisticは、体系的な異質性を定量化します。
- getspresは、標準化された予測変量効果を使用して、遺伝的関連メタ分析の不均一性を調査します。
- GMCMは、高スループット実験のためにガウス混合コピュラモデルを使用します。
- GSEMAは、遺伝子セット濃縮メタアナリシスのさまざまなステップを実行します。
- MendelianRandomizationは、要約されたデータを用いてメンデルランダム解析を行うためのいくつかの方法を提供し、metaGEは、Genotype x Environmentの相互作用を研究するためのゲノムワイド関連研究のメタアナリシスです。
- MetaIntegrator (archived)は、遺伝子発現データのメタ分析を提供します。
- metaMAは、異なって発現された遺伝子を見つけるためにp値のメタアナリシスまたはモデレート効果の大きさを提供しています。
- 複数のRNA配列決定の実験からmetaRNASeqメタ分析。
- MetaSubtractは、leave-one-outメソッドを使用してメタGWASの結果を検証します。
- ofGEMは、メタフィルタリングを用いて遺伝子 – 環境相互作用を同定する方法を提供します。
- RobustRankAggregは、遺伝子のリストを集約するためのメソッドを提供します。
- SPAtestは、関連付けの結果を組み合わせます。
- MetaSKATは、SKATのメタアナリシスを提供します。
- metaGEは、遺伝子型と環境の相互作用を研究するためのゲノムワイド関連研究のメタ解析のための機能を提供します。
データセット
- metadatは、メタアナリシスに使用される多くのデータセットを提供します。
- psymetadataは、心理学研究のメタアナリシスからより多くのデータセットを提供します。
- nmadbは、ネットワークメタアナリシスのデータベースへのアクセスを提供します。
- KenSynは、農業科学のメタ分析に関するフランス語の本に付属するデータセットを提供します。
- metabolicは、メタアナリシス本をサポートするためのデータとコードを提供します。
インターフェース
- Rcmdrのプラグインは以下のものが提供されています。
- metaとmetatestを利用するRcmdrPlugin.EZR
- MAdとmetaforを利用するRcmdrPlugin.MA
- BUGSコードを利用したネットワークメタアナリシスのためのRcmdrPlugin.RMTCJags
- JASPとjamoviは、どちらもRをバックエンドとしたメタアナリシスを提供します（後者はMAJORモジュール経由）。
- miniMetaは、metaへのshinyインターフェースを提供します。
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