RでOSを判別するには、.Platformまたはversion、Sys.info()からOS情報を取り出すことで対応できます。
しかし、これらから取り出されたOS情報は微妙に異なります。
以下、WindowsとLinux(Ubuntu)で試した結果を記載します。

Windows


.Platform$OS.type
(out)[1] "windows"
(out)
version$os
(out)[1] "mingw32"
(out)
Sys.info()["sysname"]
(out)  sysname 
(out)"Windows" 

Linux(Ubuntu)


.Platform$OS.type
(out)[1] "unix"
(out)
version$os
(out)[1] "linux-gnu"
(out)
Sys.info()["sysname"]
(out)sysname 
(out)"Linux" 
R OSを判別する方法