Bioconductor Workflowパッケージ一覧

BioconductorのWorkflowパッケージの一覧をご紹介します。英語での説明文を機械翻訳を交えて日本語化し掲載しております。パッケージを探す参考にしていただければ幸いです。

パッケージ確認日：	2024/11/01
パッケージ数：	30

1. liftOver: Changing genomic coordinate systems with rtracklayer::liftOver

rtracklayer :: liftOverによるゲノム座標系の変更

2. GeoMxWorkflows: GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP) data analysis workflows

GeoMx Digital Spatial Profiler（DSP）データ解析のワークフロー

3. rnaseqGene: RNA-seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression

RNA ‐ seqワークフロー：遺伝子レベルの探索的分析と差次的発現

4. methylationArrayAnalysis: A cross-package Bioconductor workflow for analysing methylation array data.

メチル化アレイデータを分析するためのクロスパッケージBioconductorワークフロー。

5. RNAseq123: RNA-seq analysis is easy as 1-2-3 with limma, Glimma and edgeR

RNA-seq解析は、limma、Glimma、およびedgeRを使用して、1-2-3と同じくらい簡単です。

6. cytofWorkflow: CyTOF workflow: differential discovery in high-throughput high-dimensional cytometry datasets

CyTOFワークフロー：ハイスループット高次元サイトメトリーデータセットにおける差次的発見

7. maEndToEnd: An end to end workflow for differential gene expression using Affymetrix microarrays

Affymetrixマイクロアレイを用いた差次的遺伝子発現のためのエンドツーエンドのワークフロー

8. TCGAWorkflow: TCGA Workflow Analyze cancer genomics and epigenomics data using Bioconductor packages

TCGAのワークフローBioconductorパッケージを使用して癌のゲノムおよびエピゲノミクスデータを分析する

9. RnaSeqGeneEdgeRQL: Gene-level RNA-seq differential expression and pathway analysis using Rsubread and the edgeR quasi-likelihood pipeline

RsubreadとedgeR準尤度パイプラインを用いた遺伝子レベルのRNA配列差次的発現と経路解析

10. annotation: Genomic Annotation Resources

ゲノムアノテーションリソース

11. rnaseqDTU: RNA-seq workflow for differential transcript usage following Salmon quantification

サーモン定量化後の異なる転写産物使用のためのRNA-seqワークフロー

12. simpleSingleCell: A step-by-step workflow for low-level analysis of single-cell RNA-seq data with Bioconductor

Bioconductorを用いた単一細胞RNA配列データの低レベル分析のための段階的ワークフロー

13. arrays: Using Bioconductor for Microarray Analysis

マイクロアレイ解析のためのバイオコンダクターの使用

14. ExpressionNormalizationWorkflow: Gene Expression Normalization Workflow

遺伝子発現正規化ワークフロー

15. sequencing: Introduction to Bioconductor for Sequence Data

シーケンスデータ用バイオコンダクタの紹介

15. variants: Annotating Genomic Variants

ゲノム変異体に注釈を付ける

17. spicyWorkflow: Performing a Spatial Analysis of Multiplexed Tissue Imaging Data

多重化された組織イメージングデータの空間解析を行う

18. highthroughputassays: Using Bioconductor with High Throughput Assays

ハイスループットアッセイでバイオコンダクターを使用する

19. chipseqDB: A Bioconductor Workflow to Detect Differential Binding in ChIP-seq Data

ChIP ‐ seqデータにおける差次的結合を検出するための生体導体ワークフロー

19. fluentGenomics: A plyranges and tximeta workflow

プリオレンジとツキシメタのワークフロー

19. generegulation: Finding Candidate Binding Sites for Known Transcription Factors via Sequence Matching

配列マッチングによる既知の転写因子に対する候補結合部位の発見

19. recountWorkflow: recount workflow: accessing over 70,000 human RNA-seq samples with Bioconductor

ワークフローをリカウントする：Bioconductorを使用して7万を超えるヒトRNAシーケンスサンプルにアクセス

23. SingscoreAMLMutations: Using singscore to predict mutations in AML from transcriptomic signatures

トランスクリプトームシグネチャからAMLの突然変異を予測するためのsingscoreの使用

24. BiocMetaWorkflow: BioC Workflow about publishing a Bioc Workflow

BioCワークフローの公開に関するBioCワークフロー

24. seqpac: Seqpac: A Framework for smallRNA analysis in R using Sequence-Based Counts

Seqpac：配列に基づくカウントを用いたRでのsmallRNA解析のためのフレームワーク

26. CAGEWorkflow: A step-by-step guide to analyzing CAGE data using R/Bioconductor

R / Bioconductorを使用してCAGEデータを分析するためのステップバイステップガイド

26. csawUsersGuide: csaw User’s Guide

csawユーザーズガイド

26. EGSEA123: Easy and efficient ensemble gene set testing with EGSEA

EGSEAによる簡単で効率的なアンサンブル遺伝子セットテスト

29. BP4RNAseq: A babysitter’s package for reproducible RNA-seq analysis

再現性のあるRNA-seq解析のためのベビーシッター用パッケージ

29. ExpHunterSuite: Package For The Comprehensive Analysis Of Transcriptomic Data

トランスクリプトームデータの包括的解析のためのパッケージ

Bioconductor Workflowパッケージ一覧

こちらもおすすめ

Bioconductor×Heatplus regHeatmapで文字の大きさを変える方法

Bioconductor Softwareパッケージ一覧

Bioconductor ExperimentDataパッケージ一覧